Фонд создан Еленой Тимофеевой и Вероникой Антимоник, работающими в сфере предотвращения торговли людьми и насилия с 2003 года.
В 2007-2009 гг. Вероника и Елена были частью команды проекта Международной организации по миграции (агентства ООН по миграции), в рамках которого был создан реабилитационный центр для пострадавших от торговли людьми (подробнее о Центре – в репортаже Первого канала). Это был единственный центр такого рода, комплексную помощь в котором смогли получить почти 500 человек. К сожалению, проект был завершен, а центр закрыт из-за отсутствия финансирования.
После этого Елена и Вероника продолжили реализовывать превентивные и просветительские программы, что привело к созданию и регистрации Фонда.
Сейчас Фонд «Безопасный дом» — это единственная организация в России, деятельность которой охватывает все направления предотвращения торговли людьми (включая оказание помощи пострадавшим), специалисты которой имеют международный опыт работы с данной проблемой более 20 лет.
Единственный постоянный источник финансирования Фонда — частные пожертвования.